La temporada 2000-2001 volvía a ser un nuevo asalto al ascenso que se quedó en el intento. La temporada fue muy irregular, Felipe Mesones se sentó en el banquillo para dirigir el equipo hasta su destitución para ser sustituido por José Ramón Corchado. En la temporada 95-96 el club adquiere una plaza en Territorial Preferente y empieza a competir. En la temporada 1996/97 arrancan en Tercera el Cartagonova FC, recién ascendido desde Preferente, y el Cartagena Fútbol Club.
